Desa Pendoworejo terbentuk pada tanggal 30 Maret 1947 yang merupakan gabungan dari 5 (Lima) kelurahan yaitu :
- Kelurahan Tempel dengan Lurah Suroharjo
- Kelurahan Tlogosari dengan Lurah Soko Pawiro
- Kelurahan Turusan dengan Lurah Kertorejo
- Kelurahan Watu murah dengan Lurah R Suro Wiyarjo
- Kelurahan Kamal dengan Lurah Tirto Wijoyo
Keterangan :
- Kelurahan Tempel terdiri dari 5 (lima) Padukuhan yaitu : Padukuhan Nrgoto, Padukuhan Blumbang, Padukuhan Kalisonggo, Padukuhan Tempel dan Padukuhan Kombang.
- Kelurahan Tlogosari terdiri dari 5 (lima) Padukuhan yaitu : Padukuhan Muten, Padukuhan Nglengkeh, Padukuhan Balak, Padukuhan Gunturan, dan Padukuhan Jetis.
- Kelurahan Turusan terdiri dari 4 (empat) Padukuhan yaitu : Padukuhan Turusan, Padukuhan Tileng, Padukuhan Banaran dan Padukuhan Kalingiwo.
- Kelurahan Watumurah terdiri dari 3 (tiga) Padukuhan yaitu : Padukuhan Krikil, Padukuhan Ngrancah, dan Padukuhan Kepek.
- Kelurahan Kamal terdiri dari 3 (tiga) Padukuhan yaitu : Padukuhan Kamal, Padukuhan Kluwih, Padukuhan Bleder.
Pada tanggal 30 Maret 1947 kelima kelurahan tersebut dugabungkan menjadi satu dengan nama Kelurahan Pendoworejo atau Desa Pendoworejo dengan jumlah Padukuhan sebanyak 20 Padukuhan. Kemudian beberapa Padukuhan digabung sehingga menjadi 17 (tujuh belas) Padukuhan yaitu :
- Padukuhan Ngroto
- Padukuhan Muten
- Padukuhan Nglengkeh
- Padukuhan Gunturan
- Padukuhan Balak
- Padukuhan Kalisonggo
- Padukuhan Tempel
- Padukuhan Jetis
- Padukuhan Kepek
- Padukuhan Kalingiwo
- Padukuhan Banaran
- Padukuhan Turusan
- Padukuhan Tileng
- Padukuhan Ngrancah
- Padukuhan Krikil
- Padukuhan Kamal
- Padukuhan Kluwih
Pada tanggal 27 Januari 2020 terjadi Perubahan Nomenklatur penyebutan Desa menjadi Kalurahan sesuai dengan Amanah Implementasi Undang-Undang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta yang berkaitan dengan kelembagaan. Selain itu perubahan Penyebutan untuk Padukuhan menjadi Padukuhan.